داستان هاوارد رتنری را مشاهده میکنیم که در منطقه دایاموند شهر نیویورک صاحب یک طلا فروشی بزرگ است و حال باید راهی برای پرداخت قرض های خود پیدا کند.

داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...

"نوح" یک مرد متاهل، نویسنده و معلم مدرسه در نیویورک است که به پدر زن پولدارش وابسته می‌باشد و خودش از این وابستگی نفرت دارد. وی با یک خدمتکار رستوران به نام "آلیسون" رابطه برقرار میکند و...

الیزابت کین که به تازگی همکاری با اف بی آی را شروع کرده، پس از مدتی کوتاه با چالشی سخت روبرو می شود. یک مجرم سابقه دار که دهه ها است از چنگ قانون گریخته، خود را تسلیم قانون می کند اما با این شرط که فقط با الیزابت کین همکاری کند و...