داستان سریال گاتهام از اولین روزهایی که کارآگاه جیمز گوردون به اداره‌ی پلیس شهر گاتهام می‌پیوندد ، شروع می‌شود و افسر ارشد کلانتری آنجا طی اتفاقاتی کارآگاه جیمز گوردون و هاروی بولاک را انتخاب می‌کند و آنها قرار است بر روی اسرارآمیزترین پرونده‌ی حل نشده‌ی شهر گاتهام تحقیقاتشان را آغاز کنند. اما...

الیزابت کین که به تازگی همکاری با اف بی آی را شروع کرده، پس از مدتی کوتاه با چالشی سخت روبرو می شود. یک مجرم سابقه دار که دهه ها است از چنگ قانون گریخته، خود را تسلیم قانون می کند اما با این شرط که فقط با الیزابت کین همکاری کند و...