وقتی از زمین و آسمان در ژاپن فاجعه می بارد، دختر نوجوانی به نام سوزومه که توانایی دیدن پدیده های ماورایی را دارد، متوجه می شود که علت این فجایع باز شدن درهایی اسرارآمیز است. حالا سرنوشت ژاپن در دستان سوزومه است که باید طی یک ماجراجویی پرخطر، درها را ببندد.

یک پسر دبیرستانی به توکیو فرار کرده است و با دختری دوست شده است که به نظر می رسد توانایی تغییر شرایط آب و هوایی را داشته باشد.

داستان انیمه برگرفته از رمانی به همین نام اثر ماکوتو شینکای می‌باشد که مخلوطی از عشق و معجزه است. دو نوجوان دبیرستانی پس از اینکه متوجه می شوند یه شکل عجیب و غریبی به هم مرتبط هستند و هرکدام در رویا خود را در قالب دیگری می‌بیند، تصمیم میگیرند برای اولین بار یکدیگر را ملاقات کنند...

"تاکائو" که یک دانش آموز درس خوان می باشد که دوست دارد طراح کفش ماهری شود. یک روز او تصمیم می گیرد که از مدرسه به باغ ژاپنی برود و در آنجا فکر کند و درباره آینده خود تصمیم گیری کند. در باغ زن مرموزی به نام "یوکینو" را می بیند و مجبور می شود وقتش را با او بگذراند...

داستان فیلم در ژاپن رخ می‌دهد و از سال 1990 شروع شده و در زمان حال به اتمام می‌رسد. این انیمه در سه فصل نشان داده می‌شود: فصل اول «شکوفه‌ی گیلاس»، فصل دوم «فضا‌نورد» و فصل سوم «5 سانتی‌متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می‌دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه‌ها و برخورد او و انسان‌های پیرامونش با محیط است...

در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام "هوکیادو" برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال 1996 سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...