شینجی ایکاری همچنان امیدی برای ادامه دادن به زندگی ندارد، اما پس از ورود به شهری جدید، بار دیگر با معنای امید آشنا می شود و پروژه خود را از سر می گیرد و...

یک پرونده بمب گذاری در برنامه تلویزیونی نیچیوری در پاییز. پلیس ساتسوکی که برنده جام هیوکونین ایشو ـی ژاپن است، وضعیت داخل را بررسی کرده. درحالی که ساختمان به خاکستر تبدیل میشد و یک شک بزرگ را برای مردم شهر درست کرده بود، تنها کسانی که توانسته بودند آنجا را ترک کنند هیجی و کازوها بودند. آنها همان لحظه توسط کونان که به محل حادثه رفته بود بازجویی شدند...

در حالی که دنیا تحت حملات سنگین فرشته ها است، سازمان NERV دو خلبان جدید را معرفی می کند: ماکینامی ماری ایلوستروس و آسوکا لانگلی شیکینامی...